これらを試してみてください。

Any Video Converter(あらゆる動画を相互変換)
Free FLV Converter(YouTube, Dailymotionからダウンロード。FLVへ変換も可能)
Craving Explorer(YouTube, ニコニコ動画などからダウンロード・変換も可能)

このソフト、フリーではなく、体験版のようです。日にちたつと、使えなくなる。